Primer Prob

Oligonükleotidler, kısa nükleotid dizileridir. Oligonükleotitler (primerler), PCR gibi birçok moleküler ve genetik işlemde kullanıldıkları gibi bir DNA zincirindeki baz dizilerini belirlemek ve DNA’daki mutasyonları tanımlamak için de kullanılabilirler.

Sentebiolab olarak moleküler biyoloji çalışmalarında kullanılabilecek uygun maliyetli ve yüksek kaliteli DNA dizileri sentezliyoruz. Ürettiğimiz primerler kalite kontrol testine tabi tutulmaktadır. Oligonükleotid sentez prosesi, fosforamidit monomerlerle tetrazol katalizine dayanır.

Modifiye Oligonükleotidler
Sentez esnasında, oligonükleotid dizilerinin 5’ veya 3’ ucuna veya internal olarak dizinin ortasına boya/farklı kimyasal moleküller konjüge edilebilmektedir. Dizisinde rutin DNA bazları dışında bir molekül taşıyan oligonükleotidlere ‘modifiye oligonükleotid’ adı verilmektedir. Sentebiolab olarak aşağıda listelenmiş modifikasyonlara sahip oligonükleotidleri üretmekteyiz. Tüm modifiye oligonükleotidler 100 nmol veya üstü skalada üretilmekte ve mutlaka HPLC saflaştırma yapılarak tarafınıza teslim edilmektedir.
-5’FAM
-5’HEX
-5’TET
-5’JOE
-5’ Biotin
-5’Amine
-5’Fosfat
-5’Thiol
-3’TAMRA
-3’Amine
-5’ Cy5
-5’ TAMRA
-3’ Biotin
-3’ Thiol
-3’ Fosfat

Primer saflaştırma teknikleri:
Bu bölüm, uygulamanız için en uygun saflaştırma yöntemini seçmenize yardımcı olmak üzere tasarlanmıştır. Oligo sentezi sırasında, her nükleotit büyüyen zincire ardarda eklenir. Kimyasal sentezin doğası gereği nükleotid ekleme reaksiyonu (coupling) verimi hiçbir zaman %100 değildir, genellikle %99’a yakın bir verimle eklenir dizideki her bir nükleotid. Her bir döngüde, yeni eklenen nükleotit oligo zincirlerinin küçük bir yüzdesine eklenemez. Bu durum nedeniyle, elde edilen ürün içerisinde tam uzunluktaki oligonun yanı sıra yan ürün olarak kısa dizilerin de (n-1, n-2, n-3 gibi) bulunduğu bir oligonükleotid karışımıdır. Sentez sonrası tuzdan arındırma hariç başka bir saflaştırma yöntemi uygulanmamış bir oligonun saflık oranı 100-(0.99n-1) formülü ile hesaplanır (n=üretilen oligo dizisindeki baz sayısı). Örneğin 20 baza sahip bir oligo yaklaşık %81.2 oranında tam uzunlukta ürüne ve %18.8 oranında kısa ürünlere (n-1, n-2 gibi) sahiptir.

Bazı uygulamalar için, sadece tam uzunlukta (n) oligoların kullanılması çok önemlidir. Diğer uygulamalar için daha kısa oligoların (n-1, n-2, vb.) da ortamda bulunması deney sonuçlarını etkilemez. Sipariş vereceğiniz oligolarda tercih edeceğiniz saflaştırma yöntemini aşağıda verilen bilgiler ışığında belirleyebilirsiniz.

Tuzdan Arındırma (Desalting/Standart Saflaştırma)
Sentebiolab tarafından üretilen oligonükleotitler rutin olarak tuzdan arındırma yöntemi ile saflaştırılmaktadır. Tuzdan arındırma işlemi, sentez sırasında oluşan tuzları temizlemek için kullanılır. Bu yöntem (n-1), (n-2) gibi kısa oligoları üründen uzaklaştırmaz. Bu yöntem, 35 baza kadar olan oligolar ve PZR uygulamaları için tercih edilebilir. Dizinin uzunluğu arttıkça elde edilen ürünün içinde kısa ürünlerin yüzdesi artar, bu nedenle 35 baz’dan uzun oligolar için OPC/HPLC saflaştırma tavsiye etmekteyiz.
OPC (Kartuş bazlı saflaştırma)
OPC saflaştırma, 60 baz uzunluğa kadar olan oligonükleotidler için yapılabilmektedir. 60 baz üzerindeki oligolarınız için HPLC saflaştırma tavsiye etmekteyiz.” cümlesi şu şekilde değiştirilmeli: “OPC saflaştırma, 80 baz uzunluğa kadar olan oligonükleotidler için yapılabilmektedir. 80 baz üzerindeki oligolarınız için HPLC saflaştırma tavsiye etmekteyiz.
HPLC
HPLC yönteminde oligonükleotidler C18 kolondan geçiş sırasında kimyasal yapılarındaki farklılıklara göre (baz sayısı, modifiye kimyasal grupların varlığı/boya konjügasyonu gibi) ayrılırlar. Bu yöntem ile tüm kısa diziler uzaklaştırılarak en yüksek saflık derecesine sahip oligonükleotidler elde edilir. Klonlama gibi oligo dizilerinde yüksek doğruluk gerektiren uygulamalar için HPLC saflaştırma tavsiye etmekteyiz. Ayrıca, modifiye oligo, Inozin’li oligo ve hidroliz probları gibi dizisinde rutin DNA bazları dışında gruplar olan oligonükleotidler için de mutlaka HPLC saflaştırma yapmaktayız.